Прошло полгода. Нео научился летать и останавливать пули, но его мучают сны о гибели Тринити. Машины пробурили путь к Сиону, и через семьдесят два часа четверть миллиона стражей достигнут последнего города людей. Пока совет Сиона готовит оборону, Морфеус верит, что войну закончит не оружие, а пророчество: Нео должен добраться…